分子互作研究

ChIP技術

染色質免疫共沉淀技術（Chromatin Immunoprecipitation, ChIP）是一種分子生物學技術，用于研究蛋白質與DNA的相互作用。利用已知蛋白的特異性抗體，將與蛋白相互作用的DNA從復合物中分離出來，常見用于確定特定轉錄因子或其他染色質結合蛋白在基因組上的結合位點，以及這些蛋白如何調控基因表達。

案例分享：

Interleukin-34-orchestrated tumor-associated macrophage reprogramming is required for tumor immune escape driven by p53 inactivation

Immunity. 2024 Oct 8;57(10):2344-2361.e7. doi: 10.1016/j.immuni.2024.08.015. Epub 2024 Sep 24. PMID: 39321806 IF=25.5

為了確定p53是否結合IL-34的調控區域，使用p53抗體進行了染色質免疫沉淀(ChIP)，隨后進行了高通量測序。在IL34和CDKN1A(p21)位點觀察到p53的結合（圖K）。ChIP-PCR和也揭示了p53與IL34啟動子的結合（圖L）。

DNA pull down

DNA pull-down是一種分子生物學技術，用于研究蛋白質與DNA之間的相互作用。該技術針對目標區域設計特異性DNA探針并經過脫硫生物素標記，標記后探針可以和偶聯在磁珠上的鏈霉親和素親和結合，再與總蛋白提取物進行孵育，有互作的蛋白質可以和DNA探針特異性結合，形成磁珠-DNA探針-蛋白復合物，洗滌去除非特異性結合的蛋白質，再經過洗脫得到目的DNA探針－蛋白質復合物，最后通過Western Blot或質譜(MS)鑒定蛋白質類型，這種方法常用于識別轉錄因子、DNA修復蛋白或其他與DNA結合的蛋白質。

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DNA pulldown后WB顯示對照組和實驗組之間有差異條帶

RIP技術

RIP技術（RNA Binding Protein lmmunoprecipitation，RNA結合蛋白免疫沉淀），是研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術，是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具。該技術主要是運用目標蛋白的特異性抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來，然后經過分離純化對結合在復合物上的RNA進行q-PCR驗證或高通量測序分析。

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RIP后WB,結果顯示absin與進口產品效果相當，與IgG組存在差異條帶

RNA pull down

RNA pull-down是研究RNA與蛋白結合情況的技術。先將RNA進行標記（如生物素標記），再與細胞裂解液共同孵育，從而形成RNA-蛋白質復合物，進而檢測與之結合的蛋白質。復合物洗脫后，通過Western blot(pull down-WB)實驗和質譜(pull down--MS)技術檢測目標RNA是否與某些蛋白相互作用。

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pulldown后銀染及富集效果檢測qPCR

CoIP

免疫(共)沉淀(IP/CoIP)是基于抗體和蛋白的特異性親和作用，通過捕獲與蛋白或抗原特異性結合的抗體，進而從復雜的樣品中捕獲及富集目標蛋白，同時可以測定與之相互作用的蛋白或其它生物大分子。

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Targeted knockdown of PGAM5 in synovial macrophages efficiently alleviates osteoarthritis

Bone Res. 2024 Mar 4;12(1):15. doi: 10.1038/s41413-024-00318-8.PMID: 38433252 IF=12.7

DVL2和PGAM5在M1和M2巨噬細胞中的免疫共沉淀(abs955)

GST Pull Down

GST Pull-Down實驗基于GST(glutathione-S-transferase)，即?胱?肽-S-轉移酶蛋?，可以與?胱?肽(Glutathione，GSH)結合，將GSH固定于磁珠上，形成GSH-磁珠，將已知蛋?X與GST融合表達，獲得的GST-X蛋?可與GSH-磁珠結合，若體系中存在與X蛋?互做的蛋?Y，則會形成“磁珠-GSH-GST-X-Y"復合物，與X蛋?互做的蛋?即可被分離并檢測。

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